Všechny vody celého Těšínska odtékají Odrou do Baltského moře. Samotná Chotěbuz patří do hydrologického povodí řeky Olše. Soutok Odry a Olše tvoří zároveň místo, kde Odra opouští Českou republiku. Podle ukazatelů kvality vody je řeka Olše zařazena do tř. III - znečištěná voda, pod Těšínem do třídy IV - silně znečištěná voda (zdroj: ÚPNSÚ Český Těšín, 1993). Tyto kvalitativní ukazatele je však nutno v průběhu času aktualizovat, všeobecný trend (dán zejména útlumem průmyslových podniků jako dominantních znečišťovatelů) směřuje ke stále vyšší čistotě vod. Obcí protéká také nátoková říčka Mlýnka, která je místním recipientem, a dále říčka Kišinec a Chotěbuska.