Úředně stanovená nadmořská výška obce je 320 m n.m. (284-445), vlastní katastr je velmi rozmanitý: z téměř ideální roviny u toku Moravy se prudce zvedá na východ ke Zbové (445 m n.m.) a na sever na Burdovu horu (498 m n.m.). Tyto vrcholy jsou nejjižnější částí Brannenské vrchoviny. Niva Moravy potom patří do Mohelnické brázdy. V obecném povědomí však katastr Bohutína a sousedního Klášterce uzavírá nejsevernější část Hornomoravského úvalu. Území obce přísluší k povodí řeky Moravy. V jižní a západní části je bohatě protkáno dalšími vodními toky.